Proces dezynfekcji służy do usuwania mikroorganizmów z wody lub ich zabijania. Najczęściej stosowanym środkiem dezynfekującym w uzdatnianiu wody pitnej jest chlor. Zgodnie z zasadą "tak dużo jak to konieczne i tak mało jak to możliwe", stężenie i dawka chloru muszą być stale monitorowane.